これまで総合スポーツ外来として診療を行っておりましたが、平成22年9月よりスポーツ医学センターとして診療を行っています。

スポーツ医学センターは、スポーツによって引き起こされる医学的トラブル全般に対処します。
一般にスポーツ医学診療は、スポーツによる外傷・障害の整形外科的な治療を中心に行われますが、当院のスポーツ医学センターでは、内科的なアプローチを含めて総合的にスポーツ診療を行っています。内科的に循環器、呼吸器、血液の専門家がアスリートに特徴的なオーバートレーニング症候群、アスリート喘息、アスリート貧血に対する検査治療を行っています。

また、女性アスリートに起こりやすい無月経やそれに伴う疲労骨折などに対応しています。スポーツによる外科的外傷・障害については、スポーツ整形外科が一日も早いスポーツ復帰を目指して治療を行います。画像診断も迅速に行い、MRIも当日に撮影し治療方針を決定します。スポーツによる口腔外傷に対してもスポーツ歯科が対応しています。

これに付随して、サポート部門がスポーツ医学に関するサポートを行っています。
スポーツリハビリ部門は各種スポーツ特性を考慮した筋力増強運動やストレッチ、テーピング指導を行い、いち早く現場復帰できるようにしています。
スポーツ歯科ではスポーツマウスガード作製についても相談可能です

栄養部門ではスポーツ栄養学を取り入れた個別・集団の栄養指導を行っています。

薬剤科もスポーツファーマシスト（薬剤師）によるドーピング相談・指導を行っています。

この他検査部もスポーツ関連の特殊生理学的検査に対応しています。

担当者はそれぞれ大分県内の各種スポーツ団体の医学的サポート、スポーツ医学委員会に参画しています。
大分県にとどまらず、全国的にも、ナショナルチームのドクターを務めたりスポーツ医学関連学会の評議員を務めています。

スポーツ医学の普及を積極的に行っており、スポーツ医学センタースポーツ医学セミナーは医療関係者向け、スポーツ選手・指導者向け、一般市民向けにと幅広く行っています。九州総合スポーツカレッジ（宇佐市）では、スポーツ医学講義を担当しています。